A kórházat az Assisi Szent Ferenc Leányai Kongregáció nővérei alapították 1935-ben, az akkori elöljárónő, Kuczera Flóra anya kezdeményezésére.
Tisztelendő Flóra anya célja az volt, hogy a fiatal ápolónővérek minél nagyobb szaktudással rendelkezzenek, a rend saját kórházában gyakoroljanak, és első osztályú kiképzésben részesüljenek. A kórház alapkőletétele 1935. augusztus 15-én történt. Az eseményen dr. Czapik Gyula kanonok, későbbi püspök mondott beszédet. Az épületet Kénost Vilmos építész tervezte és ő vezette az építési munkálatokat is.
Eredetileg 84 ágyas volt az intézmény, melyben kápolnát is építettek először a 2, majd a 3. emeleten. Ez az egyetlen kórházi kápolna Magyarországon, amely a kórház megalapítása óta folyamatosan, a legsötétebb időkben is megszakítás nélkül működött illetve működik.
1937. augusztus 19-én Angelo Rotta apostoli nuncius szentelte fel az intézményt. Az első beteg 1937. szeptember 4-én érkezett. Az egy- és kétágyas szobákban többnyire fizető betegeket helyeztek el. Az emeleteken lévő 2-2 nagy kórterem 8-8 beteget tudott befogadni. Később ezeket a nagy kórtermeket megosztották. Már ekkor sok egyházi személyt gondoztak, ápoltak a kórházban.
A kórház működésének kezdetén a II. kerület, valamint a külső területek közül Pesthidegkút, Máriaremete, Adyliget, Budaliget lakosságát látta el. Ezen kívül Budajenő, Tök, Perbál, Zsámbék, Nagykovácsi ugyancsak az ellátási területhez tartoztak. A kórház a lakosság körében népszerű volt, és a Margit hídtól a város széléig terjedő kb. 15 km-es sávban állandó felvétellel látta el a betegeket. Későbbiekben a Pest megyei területeket fokozatosan leválasztották.
1937. szeptemberében Kuczera Flóra anya dr. Moser Eleket nevezte ki a kórház igazgatói székébe, akinek eredményes munkássága alatt a kórház tekintélye és népszerűsége nőtt. Ő 1976-ig vezette az intézményt. Az egyházi személyeken kívül főleg a II. kerületi lakosok tették ki a betegek nagy részét.
Az első sebészfőorvos, dr. Fodor Jenő a Bakay Klinikáról jött kórházunkba. Őt követte dr. Klimkó Dezső, aki a kolozsvári Egyetemi Sebészeti Klinika vezetője, majd a Baross utcai Klinika professzora volt. A Sebészeti Osztály növelte a kórház népszerűségét. Meg kell említenünk a Sebészeti Osztályon alorvosként működő dr. Szécsény Andort, aki később a SOTE I. sz. Sebészeti Klinika professzora lett.
A háborús években a politikai és faji üldöztetések idején a rend vezetősége az anyaházban, a kórház igazgatósága pedig a kórházban bújtatta az üldözötteket. Számos egyszerű család mellett több ismert személyiség kapott itt menedéket, többek között Morvai Endre, Budapest alpolgármestere is. Ugyancsak bizonyított, hogy korábban a Francia Intézet iskolájában tanító tanárnők egy részét a nővérek szerzetesruhába öltöztették, mivel ebben az időben biztos volt az internálásuk.
A harci cselekmények idején a kórházban igen sok sebesültet láttak el az ekkor 24 órás szolgálatot ellátó orvosok. A kórház orvosai a szovjet parancsnokság kérésére átjártak a Csatárka úti katonai egészségügyi intézménybe, közreműködtek a sebesültek ellátásában.
1950-ben a rendet feloszlatták, a rendházat és a többi ingatlant államosították. A Kongregáció anyaházának átadásakor 250 rendtag volt, akik mindnyájan a betegeket szolgálták. Ugyanabban az évben az EUGE papi szervezet, melynek elnöke Bárd János kalocsai segédpüspök volt, visszakapta a kórházat az államtól a papok és szerzetesek részére. Nem sokkal később a kórház ismét az állam kezelésébe került. Az átadás azzal a kikötéssel történt, hogy az ágyak 25%-át kell az egyház részére fenntartani. A kórházi ágylétszámot hússzal növelték. A főváros II. kerületének lakosságát valamint a katolikus egyház tagjait, volt szerzeteseit, vezetőit látták el. Az Actio Catholicánál külön ágynyilvántartó létesült, amely az egyházi személyek elhelyezését koordinálta. Segítségével az egyházi otthonokból, nevezetesen a székesfehérvári papi otthonból, a hejcei, jászberényi, piliscsabai öreg szerzetesek otthonából, valamint a budapesti Fő utcai papi otthonból naponta volt betegfelvétel.
Sok közismert, legendás hírű püspök feküdt a kórházban, sokan a száműzetésből (Hejcéről, Piliscsabáról) jöttek rendszeres kezelésre. A kórházban kezeltek között volt Grősz József, Czapik Gyula érsek és Zadravecz István ferences püspök is. Előfordult, hogy egy időben három püspök is fekvőbetegként volt a kórházban. A későbbiekben Lékai László bíboros, prímás érsek, Ijjas József érsek és más egyházi személyiségek is álltak itt kezelés alatt.
A 60-as években Haynal Imre, a híres belgyógyászprofesszor is ebben a kórházban kezelte betegeit. Érdekességként megemlítjük, hogy a kommunista állami és fővárosi vezetők közül is sokakat kezelt a kórház. Például Dobi István akkori államelnök fiát, Kádár János testvérét, Óvári Miklóst és családját, Berecz Jánost és családját, Farkasinszky Lajos kiskőrösi tanácselnököt és még sok más ismert személyiséget. Ez jelezte a kórház hírét, a szerzetesnővérek ápolási munkájának minőségét, hiszen a fent említettek a privilégiumként fejlesztett Kútvölgyi Kórház ápoltjai voltak.
1968-ban az egészségügyi intézmények integrációs törvényének alapján a kórház a János Kórház részévé vált, eredeti nevét elvesztette, és mint a János Kórház Széher úti részlege működött.
1976-ban dr. Kozma György vette át a kórház és a belgyógyászati osztály vezetését.
A kórház 1987-ben ünnepelte dr. Paskai László bíboros jelenlétében fennállásának 50. évfordulóját. Az ünnepélyes megemlékezésen jelen voltak a főváros vezetői is. Ebben az időben az egyház különleges támogatást nyújtott az intézménynek, anyagilag segítette az intenzív osztály felállítását, a betegszállító mikrobusz beszerzését, a lift felszerelését.
1993-ban az állam és az egyház között kötött egyezmény alapján a rend visszakapta a kórház tulajdonjogát. A megegyezés szerint 1996-ig továbbra is a [Szent] János Kórház keretében működött, mint annak része. 1996-ban önálló igazgatású egyházi tulajdonú kórház lett. A kórház új igazgatójának dr. Kerkovits Gyulát, a nemzetközileg ismert kardiológust, a Magyar Kardiológusok Társasága örökös tiszteletbeli elnökét, az Európai Kardiológusok Társasága fellowját (választott tagját) nevezték ki. Ő haláláig dolgozott, kezelte visszatérő betegeit.
Külön kell szólnunk a Kardiológiai Osztály létesítéséről. 1991-ben – dr. Szele György, az Amerikai Egyesült Államokban élő és ott dolgozó magyar orvos fáradhatatlan és elkötelezett munkája eredményeként – kórházunk partnerkapcsolatot tudott létrehozni két amerikai kórházzal, amelyekkel karöltve nagy összegű amerikai kormánytámogatást sikerült elérni pályázat útján (United States Agency for International Development, USAID).
A kórház részéről dr. Andrássy Gábor (jelenleg a Kardiológiai Osztály vezető főorvosa) vállalta a kezdetektől ezt a nehéz és sok lemondással is járó munkát. A Budapesti Szent Ferenc Kórház (akkor még mint a Szent János Kórház Széher úti részlege) az amerikai kormánytámogatásból több mint 1 millió dollárnyi értékben tudott beszerezni orvosi műszereket. Nemcsak a kardiológiai fekvő- és járóbeteg-részleget sikerült ebből a pénzből létrehozni, hanem a korszerű automatikus labort és a rehabilitációs egységet is. Megkezdte munkáját az intenzív osztály, a szubintenzív részleg valamint a kardiológiai ambulancia. Mindezek műszerezettség tekintetében messze meghaladták az országos szintet, és világviszonylatban is korszerűek voltak.
Ebben az időben a kórház évente rendezett többnapos, színvonalas, angol nyelvű nemzetközi kardiológiai konferenciát (Szent Ferenc Kórház Nemzetközi Kardiovaszkuláris Szeminárium), ami Magyarországon és a régióban is egyedülálló volt.
1999-ben dr. Tahy Ádám, az Európai Kardiológusok Társasága fellowja, az Egészségügyi Világszervezet (WHO)Tanácsadó Testületének tagja, a Balatonfüredi Szívkórház volt főigazgatója vette át a kórház vezetését. A hosszú távú célkitűzések megvalósításának részeként, az új évezred kezdetén komoly beruházásokat indított az intézetben és fázisokra tagolt rekonstrukciós terv készült.
A rekonstrukció első fázisában részben központi, részben pályázaton elnyert és alapítványi forrásokból felújításra került a kórházépület földszintje, a porta, a kardiológiai ambulancia, és megtörtént a kazánház, fűtéshálózat és az energiaszolgáltatás részleges rekonstrukciója, befejeződött számos kórterem és szociális helység komfortosítása.
A második fázisban az oktatás (graduális, posztgraduális és betegoktatás) elősegítésére az intézet harmadik emeletén megépült az új előadó- és gyógytornaterem, a gyógyszertár, az informatikus, a pszichológus és a lelki gondozó szobája, kialakításra került az igen jól felszerelt gasztroenterológiai és hasiultrahang-laboratórium.
A rekonstrukció harmadik fázisában, 2003-ban megtörtént a konyhaüzem teljes műszaki rekonstrukciója, ezzel párhuzamosan új ebédlő került kialakításra és sor került a kórházépület bővítésére is.
A rekonstrukciós munkálatokkal párhuzamosan pályázatokon elnyert források és a kórház alapítványának támogatásával felújításra került az intézet műszerparkja (gasztroenterológiai, hasi- és szívultrahang-készülékek, EKG-monitorhálózat, nagyteljesítményű laborautomata, röntgenkészülék stb.), kiépült az informatikai hálózat, új betegszállító- és mentőkocsik álltak munkába (ajándék a főváros XII. kerület Hegyvidék Önkormányzatától), a kórház legtöbb helyiségébe és a kórtermekbe klímaberendezés került, megépült a mentőbeálló, felállítottuk kórházunk névadójának, Assisi Szent Ferencnek szobrát (Kligl Sándor alkotása, a szobrot a ferences Paskai László bíboros, prímás érsek szentelte fel) és megépült – külön bejárattal – az új gépjárműparkoló is. A költséghatékonyság növelése céljából megtörtént a kórházépület nyílászáróinak cseréje és az elavult felvonó teljes átalakítása.
A kórház munkatársai az utóbbi években több jelentős nemzeti illetve nemzetközi tudományos programban vettek részt. Ezek közül kiemeljük a Magyar Tudományos Akadémia Számítástechnikai és Automatizálási Kutató Intézetével (Roska Tamás akadémikus és munkatársai) és a Semmelweis Egyetem Magatartástudományi Intézetével (Kopp Mária professzor asszony és munkatársai) közösen végzett programot.
A kórház vezetésében 2007-ben szervezeti struktúramódosításra került sor, ennek egyik lépése volt a Felügyelő Testület újjáalakulása. Majd ez év november 1-jétől kórházunk főigazgatója dr. Trombitás Zoltán volt 2011-ig. Utódja megbízott főigazgatóként Ácsné Papp Margit volt.
2012-ben ünnepelte kórházunk fennállásának 75 éves jubileumát.
2012 őszétől a kórház főigazgatója dr. Toldy-Schedel Emil.
Szerkesztette: Czira Anita